La morphologie des cours d’eau étant un élément fondamental de leur fonctionnement des cours d’eau, il est nécessaire d’engager des opérations de restauration physique pour corriger les altérations qu’un certain nombre d’entre eux  ont connu lors d’opérations de recalibrage ou de rectification.
Ces travaux pouvant être complexes à engager, ce type d’intervention est réalisé sur des cours d’eau à fort enjeu. Le S.R.B Dronne a réalisé en 2007 et 2008 des opérations de restauration sur des portions de l’Euche destinées à renforcer la diversité du lit qui avait subi  localement un recalibrage. La technique employée a consisté à apporter des blocs rocheux pour diversifier les écoulements et créer des habitats aquatiques. Sur une portion du cours d’eau, cette intervention a été complétée par un apport de matériaux grossiers (graves) destiné à reconstituer une granulométrie sur le fond du lit favorable à la faune aquatique, ceux-ci étant localement déficitaires. Des études sont en cours pour réaliser de nouvelles interventions de ce type sur d’autres affluents.

La restauration de la continuité écologique constitue également un fort enjeu. Des études sont en cours sur le territoire pour que le Syndicat puisse intervenir sur certains affluents de la Dronne. Cette dernière a abrité il y a quelques dizaines d’années de belles populations diversifiées de grands migrateurs (alose, truite de mer, lamproie marine, saumon…). L’axe Dronne constitue une rivière à fort enjeu pour les migrateurs à l’échelle régionale. Dans ce cadre, un dispositif a été mis en place à l’échelle du bassin de la Dronne, porté EPIDOR et l’ONEMA pour rétablir la continuité écologique sur l’axe. Le S.R.B Dronne constitue un des partenaires locaux appuyant cette démarche qui visera à intervenir sur les seuils et équipements des moulins perturbant la circulation des espèces piscicoles et le transit sédimentaire (abaissement ou suppression des seuils, équipement de passes à poissons, aménagement des grilles des micro-centrales électriques pour éviter la destruction possible du poisson par les turbines…).

Le S.R.B Dronne porte également une action sur certaines annexes des cours d’eau (bras secondaires, bras mort…) pour favoriser les échanges hydrologiques et biologiques. Des études sont également en cours pour définir les sites et modalités d’intervention sur des annexes présentes sur la Dronne et de certains de ses affluents