Un cours d’eau, c’est un lit mineur, l’espace où s’écoulent habituellement les eaux, mais c’est aussi un lit majeur où circule la rivière lors des crues (forte élévation des débits suite aux précipitations) remarquables. Lors des débordements dans le lit majeur, les annexes fluviales sont pleinement mobilisées.
En fonction de l’importance des crues, un cours d’eau façonne inéluctablement les berges et le fond du lit mineur : tout est question de temps, de quelques minutes à quelques siècles…
Les cours d’eau se déplacent dans le temps. Dans les secteurs de plaine, comme c’est le cas dans le bassin moyen de la Dronne, les évolutions horizontales sont les plus perceptibles : la Dronne et ses affluents ont tendance à sinuer et décrivent plus ou moins des méandres et c’est la berge dite concave qui recule de quelques centimètres à quelques mètres sur plusieurs années alors que la rive convexe avance. Ainsi, à l’échelle de l’année (le plus souvent de la décennie), les rivières de plaine migrent au sein du lit majeur.
Les cours d’eau peuvent également localement s’enfoncer ; l’incision peut poser des problèmes de déconnection avec la nappe d’accompagnement qui contribue largement à alimenter les cours d’eau de plaine en période estivale. Lorsqu’ils se rehaussent, cela peut poser des problèmes de débordements des eaux lors des crues au endroits de secteurs à forts enjeux (espaces urbanisés par exemple) et créer des inondations dommageables.
Un cours d’eau est un ensemble très complexe qui réagit toujours plus ou moins rapidement et brutalement aux interventions qui sont menées soit directement sur le lit (curage, recalibrage, entretien de la végétation très poussé…) soit sur une partie du bassin versant. Comprendre au mieux le fonctionnement des cours d’eau permet d’apporter la solution la plus adaptée à un problème posé localement (une érosion de berge qui pose un problème le long d’une route par exemple) tout en n'en créant pas d’autre à l’amont, à l’aval, voire sur place.
Sur ce couple « eau-sédiment » appelé hydro-morphologie, se greffe la chimie et la biologie. Le cours d’eau véhicule de nombreuses molécules transitant dans les eaux circulant sur le bassin versant. Il s’agit principalement de substances arrachées à la roche, de dégradation et de transformation de la matière organique végétale pour les origines naturelles. De nombreuses substances sont apportées par les activités humaines et si leur concentration excède certains seuils que le milieu aquatique ne peut absorber, elles s’accompagnent de pollution. Les principales sources de pollution les plus communément rencontrées sont issues des activités agricoles (lessivages et fuite des reliquats des amendements, fuite des élevages, traitements phytosanitaires…), de l’industrie, des défauts l’assainissement (collectif et individuel). Les collectivités territoriales et le particulier contribuent à la pollution des eaux par les phytosanitaires par les traitements (herbicides notamment) de surface (voirie, jardins…) à proximité de points d’eau (rivière, fossé, source, réseau de collecte des eaux pluviales qui débouchent dans les cours d’eau…).
