Le fond de la vallée présente la particularité d’être constitué de tourbe alcaline. Celle-ci a été exploitée jusque dans les années 50 pour la production de combustibles et cette activité à sculpter de nombreux plans d’eau dans le secteur de Vendoire.
Le territoire de la Lizonne concentre de nombreux enjeux. La vallée, classé site Natura 2000, accueille des espèces et habitats humides remarquables largement reconnus à l’échelle régionale. Certains habitats sont d’intérêt communautaire, tout comme une vingtaine d’espèces. Le fond de vallée dans le secteur de Vendoire constitue un remarquable réservoir de biodiversité dont une partie appartient à la collectivité publique. Le site des tourbières de Vendoire, propriété de la communauté de communes du Verteillacois, est en partie accessible au grand public qui peut y observer des milieux aquatiques remarquables.
La Lizonne connait des problèmes aigus sur le plan morphologique et réagit encore aux curages et recalibrages survenus il y a plusieurs décennies : les réajustements se traduisent par un enfoncement localement encore actif du lit mineur qui présente souvent des berges hautes, verticales et instables. La conséquence la plus manifeste est l’affleurement de la roche tourbeuse sous-jacente qui apparait localement dans le fond du lit. L’impact morphologique des recalibrages et rectifications est localement accentué par les problèmes de continuité écologique au niveau des seuils de moulins qui perturbent le transit sédimentaire (blocage de la charge solide en amont des obstacles et déficit à l’aval). L’impact sur les espèces piscicoles est également avéré.
La tendance générale à l’incision s’est accompagnée d’un abaissement de la nappe d’accompagnement et donc de l’amenuisement de la ressource disponible en surface pour les milieux aquatiques. La gestion de la ressource en eau constitue un enjeu déterminant sur cette partie du bassin. Il existe un déséquilibre entre la ressource en eau, indispensable pour les milieux aquatiques en période estivale, certains usages (pêche, agrément, tourisme, abreuvement…), et les prélèvements utilisés pour l’irrigation. Ce déséquilibre se traduit par des étiages très sévères.
