Pour ce qui est du vivant, les écosystèmes aquatiques continentaux, la chaine des éléments vivants inféodés aux cours d’eau et plans d’eau, se caractérisent par une grande diversité d’espèces floristiques et faunistiques. Cette diversité et la richesse des habitats que l’on peut rencontrer dans et le long d’un cours d’eau est le fait, entre autres, des variations de la contrainte exercée par l’eau sur les espèces végétales et animales et la dynamique fluviale. Les étiages (phase d’abaissement temporaire des niveaux d’eau en période estivale) et les crues sont nécessaires au fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Ainsi, ces dernières constituent en quelque sorte le moteur du rajeunissement des milieux qui ont tendance à se « terrestrialiser » en exerçant une contrainte forte sur les espèces : celles qui sont le plus adaptées à la présence plus ou moins régulière d’eau subsistent, ce qui permet la présence de cortèges d’espèces tout à fait spécifiques, riches, voire rares.
Les débordements dans le lit majeur sont souvent mal perçus car ils peuvent mettre en péril des implantations et activités humaines dans des secteurs inondables. Ils restent néanmoins indispensables à la diversité et au bon fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Les crues apportent également l’énergie nécessaire à la dynamique fluviale qui façonne les formes tels les bras (secondaires actifs, morts…), les îlots, la géométrie du lit mineur. Cette diversité des formes fluviales est à l’origine de celle des habitats aquatiques que l’on peut rencontrer le long d’un cours d’eau. Ils constituent des lieux de refuge, d’alimentation, de repos, de reproduction…pour de nombreuses espèces qui les exploitent spécifiquement ou temporairement (à l’occasion d’une migration par exemple).
Les crues permettent également la recharge de la nappe d’accompagnement des cours d’eau de plaine, la masse d’eau présente sous le lit majeur en lien avec les niveaux d’eau de la rivière. La bonne recharge hivernale et printanière de la nappe d’accompagnement par le cours d’eau lors des épisodes de crue permet d’assurer un soutien à l’étiage : en période estivale un cours d’eau de plaine est en effet grandement alimenté par le drainage de sa nappe.
Le lit mineur des cours d’eau est souvent bordé par une ripisylve qui constitue la bande riveraine de végétation. A l’origine, dans les plaines, la ripisylve se présente sur les boisements épais. Avec l’occupation des fonds de vallée par les activités humaines, l’agriculture notamment et plus localement les implantations urbaines, les ripisylves ont été très largement réduites à des cordons étroits de végétation arborée.
 |
 |
 |
